Japonia jest 7. największym partnerem handlowym UE, podczas gdy UE jest 3. największym ogólnym partnerem handlowym Japonii po Chinach i USA. W handlu dwustronnym dominują wyroby przemysłowe. Eksport z UE to maszyny i sprzęt transportowy, chemikalia, inne wyroby przemysłowe oraz produkty podstawowe, takie jak rolnictwo, surowce i energia. Na rynek unijny z Japonii importowane są głównie maszyny i sprzęt transportowy oraz produkty chemiczne. UE odnotowuje nadwyżkę w handlu usługami z Japonią. Wynika ona z handlu usługami telekomunikacyjnymi/komputerowymi/informacyjnymi, przepływami finansowymi związanymi z własnością intelektualną, innymi usługami biznesowymi i usługami finansowymi.