Kolejne kontakty miały miejsce w XIX wieku, gdy Polska znajdowała się pod zaborami. Pierwszym Japończykiem, który odwiedził ziemie polskie, był major Yasumasa Fukushima, który w latach 1892-1893 przemierzał trasę Berlin-Władywostok konno, nawiązując kontakty z polskimi działaczami niepodległościowymi oraz zesłańcami na Syberii. Na przełomie XIX i XX wieku dwaj polscy zesłańcy z Syberii, Bronisław Piłsudski (brat Józefa Piłsudskiego) i Wacław Sieroszewski, przybyli do Japonii, gdzie angażowali się w badania etnologiczne Ajnów na Hokkaido. W okresie wojny japońsko-rosyjskiej (1904-1905) Polacy zainteresowali się Japonią z uwagi na nadzieje na pokonanie Rosji i odzyskanie niepodległości. W tym czasie Roman Dmowski i Józef Piłsudski odwiedzili Japonię nawiązując kontakty i angażując się w poprawę warunków internowania 4658 Polaków, którzy byli przetrzymywani w Japonii jako żołnierze pokonanej rosyjskiej armii.